改革开放以来，我国城镇化水平和产业结构水平不断提高，但城乡收入差距呈现着不断扩大的趋势。城镇化和非农化就业是影响城乡收入差距的重要因素。因此，本文以城镇化、非农化与城乡收入差距三者的相互作用机制为理论基础，根据新疆1980～2011年的时间序列数据，利用VAR模型对这三个变量进行动态计量分析。实证分析的结果表明：城镇化和非农化是影响新疆城乡收入差距的重要因素。城镇化缩小了新疆城乡收入差距，但是这种作用开始减弱。短期内非农化缩小了城乡收入差距，长期内非农化对城乡收入差距的负向冲击也是比较弱的。总的说来，城镇化缩小城乡收入差距的作用强于非农化。长期来看，新疆城乡收入差距除了受自身影响之外，还受城镇化与非农化的影响，三者的贡献率分别为57.29%、7.53%和35.18%。