政府间区域惯性协作是指区域内地方政府根据各地社会资源不均等分配的结果而采取自发协作，即根据区域间明显的比较优势，在客观上自然形成区域分工，它包含三个方面的研究内容，即政府间区域协作所必需的资源配置制度、中央政府与地方政府的关系及地方官员的参与动机。通过长三角区域合作制度研究发现，目前存在各级政府间惯性协作的制度化运作程度还不完善、在应对社会突发事件时还缺乏权威性的中心协调机构、区域内各行政区的地方保护主义没有得到制度性遏制、民间行业协会还没有成为各级政府之间惯性协作的公共中间服务平台等问题，其中既有阶段性区域发展过程问题，也有文化、历史及体制性问题。