广东省、重庆市两地在农村集体经济组织的治理机制、成员资格认定、股权类型设置和管理模式等改革的重大领域面临许多共性的问题，而在农村集体经济组织立法模式、组织机构的人员构成、集体资产股份流转现状等许多具体问题上存在较大差异。同一改革内容会因试点单位改革阶段的不同而有所差异，这种差异会随着改革进程的推进而逐渐消解。进一步深化农村集体产权制度改革，首先，应当深入推进“政经分离”改革，理顺农村集体经济组织与村委会、村党组织的关系，完善农村集体经济组织的治理机制；其次，应当积极探索“一般+特殊”的农村集体经济组织成员资格认定规则；最后，应当深化股份合作制改革，逐步优化农村产权流转交易的制度环境。