西藏社科院于1978年12月筹建，1985年8月5日正式成立，属财政全额拨款的事业单位。2011年5月26日，西藏自治区哲学社会科学界联合会正式挂牌成立，属参公的学术性社会团体，与西藏社科院“一套人马，两块牌子”。 单位内设16个工作研究机构，其中，行政职能部门5个（院办公室、政工人事处、科研管理处及社科联学术工作处、联络协调处）、科研所8个（马克思主义理论研究所、民族研究所、宗教研究所、农村经济研究所、当代西藏研究所、经济战略研究所、南亚研究所、贝叶经研究所）；科研辅助部门3个（藏文古籍出版社、《西藏研究》编辑部和文献信息管理处）。同时，西藏社科院（联）对外还承担着三个研究中心和3个协调办公室的挂牌研究工作职能，兼具“西藏藏学研究中心”、“西藏经济社会发展研究中心”、“西藏《格萨尔》研究中心”和自治区《格萨尔》抢救办公室、六省区市藏文古籍协作领导小组办公室等职责。